开经偈：
无上甚深微妙法，百千万劫难遭遇，
我今见闻得受持，愿解如来真实义。
药师琉璃光如来本愿功德经
唐三藏法师玄奘奉诏译
如是我闻：一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下，与大比丘众八千人俱，菩萨摩诃萨三万六千，及国王大臣、婆罗门居士、天龙八部、人非人等无量大众，恭敬围绕，而为说法。
尔时曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌。白言：世尊．惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿，殊胜功德；令诸闻者，业障消除，为欲利乐像法转时，诸有情故。
尔时世尊赞曼殊室利童子言：善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲劝请我说诸佛名号、本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听，极善思惟，当为汝说。曼殊室利言：唯然，愿说，我等乐闻。
佛告曼殊室利：东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来、应正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。
曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓；随意所趣，作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时．以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中，修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒；设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得，端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家．贫穷多苦；我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习，诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
曼殊室利．是为彼世尊药师琉璃光如来应正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。
复次，曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来行菩萨道时，所发大愿，及彼佛土功德庄严，我若一劫，若一劫余，说不能尽。然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声；琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩窗罗网，皆七宝成；亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。于其国中，有二菩萨摩诃萨：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处，悉能持彼世尊药师琉璃光如来，正法宝藏。是故曼殊室利，诸有信心善男子善女人，应当愿生彼佛世界。
尔时世尊，复告曼殊室利童子言：曼殊室利，有诸众生，不识善恶，惟怀贪吝，不知布施及施果报，愚痴无智，阙于信根。多聚财宝，勤加守护。见乞者来，其心不喜。设不获已，而行施时，如割身肉，深生痛惜。复有无量悭贪有情，积集资财，于其自身，尚不受用，何况能与父母妻子奴婢作使，及来乞者。彼诸有情，从此命终，生饿鬼界或傍生趣。由昔人间，曾得暂闻药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时，从彼处没，还生人中，得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐，好行惠施，赞叹施者，一切所有，悉无贪惜，渐次尚能以头目、手足、血肉、身份施来求者，况余财物。
复次，曼殊室利，若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗。有虽不破尸罗，而破轨则。有于尸罗轨则，虽得不坏，然毁正见。有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义，不能解了。有虽多闻，而增上慢；由增上慢，覆蔽心故，自是非他，嫌谤正法，为魔伴党。如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情，堕大险坑。此诸有情，应于地狱、傍生、鬼趣流转无穷。若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍恶行，修诸善法，不堕恶趣。设有不能舍诸恶行，修行善法，堕恶趣者，以彼如来本愿威力，令其现前，暂闻名号，从彼命终，还生人趣，得正见精进，善调意乐，便能舍家，趣于非家，如来法中，受持学处，无有毁犯，正见多闻，解甚深义，离增上慢，不谤正法，不为魔伴，渐次修行诸菩萨行，速得圆满。
复次，曼殊室利，若诸有情，悭贪嫉妒，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁，受诸剧苦。受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞，饥渴逼恼，又常负重，随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。若昔人中，曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心皈依，以佛神力，众苦解脱；诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法。常遇善友，永断魔罥，破无明殼，竭烦恼河，解脱一切生老病死，忧悲苦恼。
复次，曼殊室利，若诸有情，好喜乖离，更相斗讼，恼乱自他，以身语意，造作增长，种种恶业，辗转常为不饶益事，相互谋害。告召山、林、树、冢等神，杀诸众生．取其血肉，祭祀药叉、罗刹婆等；书怨人名，作其形像，以恶咒术，而咒诅之。魇魅蛊道，咒起尸鬼，令断彼命，及坏其身。是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事，悉不能害。一切辗转，皆起慈心，利益安乐，无损恼意，及嫌恨心。各各欢悦，于自所受，生于喜足，不相侵凌，互为饶益。
复次，曼殊室利，若有四众，比丘，比丘尼，邬波索迦，邬波斯迦，及余净信善男子、善女人等。有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处，以此善根，愿生西方极乐世界，无量寿佛所，听闻正法，而未定者，若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰：文殊师利菩萨，观世音菩萨，得大势菩萨，无尽意菩萨，宝檀华菩萨，药王菩萨，药上菩萨，弥勒菩萨。是八大菩萨乘空而来，示其道路，即于彼界，种种杂色，众宝华中，自然化生。或有因此，生于天上，虽生天上，而本善根，亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。天上寿尽，还生人间，或为轮王，统摄四洲，威德自在，安立无量百千有情于十善道。或生刹帝利、婆罗门、居士大家。多饶财宝，仓库盈溢，形相端正，眷属具足，聪明智慧，勇健威猛，如大力士。若是女人，得闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，于后不复更受女身。
复次，曼殊室利，彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦，瘦挛、干消、黄热等病；或被魇魅、蛊毒所中；或复短命，或时横死；欲令是等病苦消除，所求愿满。时彼世尊，入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。既入定已，于肉髻中，出大光明，光中演说大陀罗尼曰：那谟薄伽筏帝，鞞杀社窭(jú)噜，薛琉璃，钵喇（la）婆，喝罗（la）阇(shé)也，怛他(tuō)揭多耶，阿罗诃帝，三藐三勃陀耶。怛蛭他，唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝莎诃。
而时光中，说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生，病苦皆除，受安隐乐。曼殊室利，若见男子女人，有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦，悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是，无病延年；命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。是故曼殊室利！若有男子女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重，恭敬供养者，常持此咒。勿令废忘！
复次，曼殊室利，若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来应正等觉所有名号，闻已诵持，晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花，烧香涂香，作众伎乐，供养形象。于此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义。于彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提。
尔时，曼殊室利童子白佛言：世尊！我当誓于像法转时，以种种方便，令诸净信善男子善女人等，得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至睡中亦以佛名觉悟其耳。世尊！若于此经受持读诵，或复为他演说开示。若自书，若教人书，恭敬尊重，以种种华香、涂香、末香、烧香。花鬘、璎珞、幡盖、伎乐，而为供养，以五色彩，作囊盛之。扫洒净处，敷设高座而用安处。尔时四大天王，与其眷属，及余无量百千天众，皆诣其所，供养守护。世尊，若此经宝流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处，无复横死，亦复不为诸恶鬼神，夺其精气；设已夺者，还得如故，身心安乐。
佛告曼殊室利：如是！如是！如汝所说。曼殊室利，若有净信善男子善女人等，欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座，而安处之。散种种花．烧种种香．以种种幢幡，庄严其处。七日七夜，受八分斋戒，食清净食，澡浴香洁，著清净衣，应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情，起利益安乐，慈悲喜舍平等之心，鼓乐歌赞，右绕佛像。复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示。随所乐求，一切皆遂，求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女。
若复有人，忽得恶梦，见诸恶相，或怪鸟来集，或于住处，百怪出现。此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来者，恶梦恶相，诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患。或有水火，刀毒悬险，恶象师子，虎狼熊罴，毒蛇恶蝎，蜈蚣蚰蜒，蚊虻等怖，若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏，皆得解脱。若他国侵扰，盗贼反乱，忆念恭敬彼如来者，亦皆解脱。
复次，曼殊室利，若有净信善男子善女人等，乃至尽形，不事余天，唯当一心，归佛法僧，受持禁戒。若五戒十戒，菩萨四百戒，比丘二百五十戒，比丘尼五百戒。于所受中，或有毁犯，怖堕恶趣。若能专念彼佛名号，恭敬供养者，必定不受三恶趣生。或有女人，临当产时，受于极苦，若能至心称名礼赞，恭敬供养彼如来者，众苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，见者欢喜，利根聪明，安隐少病，无有非人，夺其精气。
尔时世尊，告阿难言：如我称扬彼世尊药师琉璃光如来所有功德，此是诸佛甚深行处，难可解了，汝为信不？阿难白言：大德世尊！我于如来所说契经，不生疑惑。所以者何？一切如来身语意业，无不清净。世尊！此日月轮，可令堕落；妙高山王，可使倾动；诸佛所言无有异也。世尊！有诸众生，信根不具，闻说诸佛甚深行处，作是思惟：云何但念药师琉璃光如来一佛名号，便获尔所功德胜利？由此不信，返生诽谤，彼于长夜，失大利乐，堕诸恶趣，流转无穷。
佛告阿难：是诸有情，若闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，不生疑惑，堕恶趣者，无有是处。阿难．此是诸佛甚深所行．难可信解。汝今能受．当知皆是如来威力。阿难！一切声闻独觉，及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解，唯除一生所系菩萨。阿难！人身难得，于三宝中，信敬尊重，亦难可得。闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是。阿难！彼药师琉璃光如来，无量菩萨行，无量善巧方便，无量广大愿，我若一劫，若一劫余，而广说者，劫可速尽，彼佛行愿，善巧方便无有尽也。
尔时众中，有一菩萨摩诃萨，名曰救脱，即从座起，偏袒右肩，右膝著地，曲躬合掌，而白佛言：大德世尊！佛法转时，有诸众生，为种种患之所困厄，长病羸瘦，不能饮食，喉唇干燥，见诸方暗，死相现前，父母亲属，朋友知识，涕泣围绕。然彼自身，卧在本处，见琰魔使，引其神识，至于琰魔法王之前。然诸有情，有俱生神。随其所作，若罪若福，皆具书之，尽持授与琰魔法王。尔时彼王，推问其人，计算所作，随其罪福，而处断之。时彼病人，亲属知识，若能为彼归依世尊药师琉璃光如来，请诸众僧，转读此经，燃七层之灯，系五色续命神幡，或有是处，彼识得还，如在梦中，明了自见。或经七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日。彼识还时，如从梦觉，皆自忆知，善不善业，所得果报，由自证见，业果报故，乃至命难，亦不造作诸恶之业。是故净信善男子善女人等，皆应受持药师琉璃光如来名号，随力所能，恭敬供养。
尔时阿难问救脱菩萨曰：善男子，应云何恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来，续命幡灯，复云何造？救脱菩萨言：大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜，受持八分斋戒。应以饮食，及余资具，随力所办，供养比丘僧。昼夜六时，礼拜行道。供养彼世尊药师琉璃光如来，读诵此经四十九遍。燃四十九灯，造彼如来形像七躯，一一像前，各置七灯，一一灯量，大如车轮，乃至四十九日，光明不绝。造五色彩幡，长四十九搩手。应放杂类众生，至四十九。可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。
复次，阿难！若刹帝利灌顶王等，灾难起时，所谓：人众疾疫难，他国侵逼难，自界叛逆难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。彼刹帝利灌顶王等，尔时应于一切有情，起慈悲心，赦诸系闭。依前所说，供养之法，供养彼世尊药师琉璃光如来。由此善根，及彼如来本愿力故，令其国界，即得安隐，风雨顺时，谷稼成熟，一切有情，无病欢乐。于其国中，无有暴恶。药叉等神，恼有情者，一切恶相，皆即隐没。而刹帝利灌顶王等，寿命色力，无病自在，皆得增益。
阿难！若帝后妃主，储君王子。大臣辅相，中宫彩女，百官黎庶，为病所苦，及余厄难；亦应造立五色神幡，燃灯续明，放诸生命，散杂色花，烧众名香，病得除愈，众难解脱。
尔时阿难问救脱菩萨言：善男子！云何已尽之命，而可增益？救脱菩萨言：大德！汝岂不闻如来说有九横死耶？是故劝造续命幡灯，修诸福德，以修福故，尽其寿命，不经苦患。阿难问言：九横云何？救脱菩萨言：若诸有情，得病虽轻，然无医药及看病者，设复遇医，授以非药，实不应死，而便横死。又信世间邪魔外道妖孽之师妄说祸福，便生恐动，心不自正，卜问觅祸，杀种种众生，解奏神明，呼诸魍魉，请乞福祐，欲冀延年，终不能得。愚痴迷惑，信邪倒见，遂令横死。入于地狱，无有出期，是名初横。二者横被王法之所诛戮。三者畋猎嬉戏，耽淫嗜酒，放逸无度，横为非人，夺其精气。四者横为火焚，五者横为水溺，六者横为种种恶兽所啖，七者横堕山崖，八者横为毒药、厌祷、咒诅、起尸鬼等之所中害。九者饥渴所困，不得饮食，而便横死。是为如来略说横死，有此九种，其余复有无量诸横，难可具说。
复次，阿难！彼琰魔王主领世间名籍之记，若诸有情，不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于性戒，琰魔法王，随罪轻重，考而罚之。是故我今劝诸有情，燃灯造旛幡，放生修福，令度苦厄，不遭众难。
尔时众中，有十二药叉大将，俱在会坐．所谓：宫毗罗大将、伐折罗大将、迷企罗大将、安底罗大将、頞你罗大将、珊底罗大将、因达罗大将、波夷罗大将、摩虎罗大将、真达罗大将、招杜罗大将、毗羯罗大将，此十二药叉大将，一一各有七千药叉，以为眷属。同时举声白佛言：世尊！我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利，饶益安乐，随于何等村城围邑，空闲林中，若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号，恭敬供养者，我等眷属，卫护是人，皆使解脱一切苦难，诸有愿求，悉令满足，或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结。
尔时世尊，赞诸药叉大将言：善哉！善哉！大药叉将！汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者，常应如是利益安乐一切有情。
尔时阿难白佛言：世尊！当何名此法门？我等云何奉持？佛告阿难：此法门名说药师琉璃光如来本愿功德，亦名说十二神将饶益有情结愿神咒，亦名拔除一切业障，应如是持。
时薄伽梵，说是语已，诸菩萨摩诃萨及大声闻，国王、大臣、婆罗门、居士、天龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽、人非人等一切大众，闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行。
药师偈:
药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦，
无边行愿利有情，各遂所求皆不退。
南无药师琉璃光如来（三称）
南无日光遍照菩萨（三称）
南无月光遍照菩萨（三称）
南无药师会上佛菩萨（三称）
消解病咒：
唵致哩多致哩多晖咤唎娑婆诃（七遍）
赞十二药叉大将：
助佛宣扬，五色彩缕结其名，随愿悉圆成，冤业冰清，福寿永康宁。
补阙真言：（三称）
南谟喝啰怛那，哆啰夜耶。佉啰佉啰。俱住俱住。摩啰摩啰。虎啰，吽。贺贺，苏怛拏（na），吽。泼抹拏，娑婆诃。
补阙圆满真言：（三称）
唵，呼嚧呼嚧，社曳穆契，娑诃。
解冤咒：
解结解结解冤结，解了多生冤和业，
洗心涤虑发虔诚，今对佛前求解结。
药师佛，药师佛，消灾延寿药师佛，
随心满愿药师佛。
七佛通偈：
诸恶莫做，众善奉行，自净其意，是诸佛教。
回向偈：
愿以此功德 庄严佛净土 上报四重恩 下济三途苦
所有见闻者 悉发菩提心 尽此一报身 同生琉璃国
願消三障諸煩惱 願得智慧真明瞭
普願罪障悉消除 世世常行菩薩道
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